MyISAM, InnoDB dan HEAP itu adalah storage engine mysql,
MyISAM sangat cepat tapi tidak mendukung FOREIGN KEY dan database transaction, umumnya digunakan untuk menyimpan data yang kebanyakan dibaca seperti configuration.
InnoDB mendukung database transaction (ACID compliant) serta FOREIGN KEY.
HEAP (sekarang Memory) engine yang menyimpan data di ram.
Selengkapnya baca
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/storage-engines.html