pertama kamu harus membuat sebuah tabel untuk menyimpan ongkos kirim setidaknya seperti:
tb_ongkos (id, jasa, ongkos, kota)
contoh isinya:

id	jasa	ongkos	kota
--------------------------------
1	JNE	1000	denpasar
2	JNE	1500	singaraja
2	TIKI	2000	medan
--------------------------------

jadi pada saat menghitung ongkos kirim akan kurang lebih seperti:

<?php
$sql = "select * from tb_ongkos where jasa='JNE' and kota='denpasar'";
$result = mysql_fetch_array(mysql_query($sql));
$berat = 3; // 3 kilo
$ongkos = $result['ongkos'] * $berat;