coba pake ini:
if ($module == 'isiraker' AND $act == 'input') {/*hati hati dibagian ini, perhatikan $act itu diperoleh dari mana?*/
    $idBulan = $_POST['bulan'];
    $idTahun = $_POST['tahun'];
    $sqlCek = "select * from Detail_Raker where id_bulan='$idBulan' and id_tahun='$idTahun'";
    if (mysql_num_rows(mysql_query($sqlCek)) <= 0) {
        foreach ($_POST['id_proker'] as $key => $idproker) {
            $realisasi = $_POST['realisasi'][$key];
            if ((!empty($idBulan)) && (!empty($idTahun)) && (!empty($realisasi)) && (!empty($idproker))) {
                $sql = "insert into isiraker (id_proker,realisasi,id_bulan,id_tahun) values ('$idproker','$realisasi','$idBulan','$idTahun')";
                mysql_query($sql);
            }
        }
    }
}
dan ini saya kasi kamu kode jquery untuk validasi dengan javascript
<script type="text/javascript" src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.6.3/jquery.min.js"></script>
<script type="text/javascript">
$(function(){
	$("form").submit(function(e){
		var valid = true;
		$('input[name^="id_proker"], input[name^="realisasi"]').css('border','0');
		$('input[name^="id_proker"], input[name^="realisasi"]').each(function(){
			if($(this).val() == ''){
				$(this).css('border','1px solid red');
				valid = false;
			}
		});
		if(!valid){
			alert('Data tidak komplit!');
			e.preventDefault();
		}
	})
});
</script>
tambahkan dibagian akhir form kamu