saya agak bingung dengan pertanyaan kamu dan juga bingung dengan kode yang kamu tulis, yang bisa saya perbaiki adalah penulisan nama element form, untuk multiple input, penamaan form itu berbeda:
<?
include 'connect.inc.php';
$query = mysql_query("SELECT * from dt_order_tmp where tgl_so between '$tanggal_awal' and '$tanggal_akhir' ORDER BY no_so");
if($query && mysql_num_rows($query) > 0){
$x = 1;
while($row = mysql_fetch_object($query)){
?>
<?
echo "<tr id='tr{$row->no_id}'>
<td align='center'>$x</td>
<td align='center'>{$row->no_so}</td>
<td>{$row->nm_cust}</td>
<td><input type='checkbox' name='cek1[]' id='cek1-{$row->no_id}'/></td>
<td align='center'>
<input type='hidden' id='dept_id{$row->no_id}' value='{$row->Department}' name='dept_id[]'/>
<a href='javascript:editData({$row->no_id})'>Edit</a>
| <a href='javascript:deleteRow(\"{$row->no_id}\")'>Delete</a></td>
</tr>";
?>
<?
$x++;
/* (updated) setiap baris ada input hidden dengan ID dept_id[id department]
untuk menyimpan id dari departemen pegawai, hal ini perlu dalam pengeditan data */
}
}
?>
ref:
http://www.myphptutorials.com/tutorials/154/menyimpan-data-menampilkan-beberapa-tabel